El reconocimiento entre la ARN polimerasa y el promotor se debe a la presencia de un grupo de donantes y aceptores de puentes de hidrógeno orientados específicamente, que interactúan con grupos similares en el dominio de unión de la enzima; estos determinan la especificidad del reconocimiento.
A la estabilidad contribuyen otras interacciones menos específicas, pero más fuertes, con las interacciones iónicas entre las cargas negativas de la parte monótona de la estructura del ADN y residuos básico del dominio de unión de la proteína, y quizás interacciones hidrofóbicas entre el metilo de la timina y grupos apolares de la superficie de la enzima.
La unión de la polimerasa en sitio adecuado provoca un desenrollamiento local del ADN (favorecido por el elevado contenido de pares AT) que incluye aproximadamente las bases de -10 a +5.
Esta estructura es muy estable y recibe el nombre de «promotor abierto». Una vez formado el promotor abierto, la enzima comienza a deslizarse sobre el ADN, hasta arribar a la primera base que va a ser copiada.
