El primero une frecuentemente nucleótidos de purina, casi siempre ATP, luego la primera base en ser copiada es casi siempre la timina, que ocupa la posición +1 en el ejemplo.
Una vez formado par AT se incorpora otro nucleósido trifosfato al sitio de elongación; solo se incorporará aquel capaz de formar un par con la base +2, por ejemplo, la citosina.
Cuando los dos sitios están ocupados se produce la reacción y queda formado el primer enlace fosfodiéster.
Inmediatamente después se produce el movimiento de la polimerasa hacia el nucleótido siguiente.
El final de la iniciación está determinado por la separación del factor σ y la formación de un complejo ternario estable.
