La terminación de la síntesis del ARN ocurre en sitios de secuencias de bases específicas en la molécula de ADN. Todo parece indicar que la formación de la estructura en «tallo y asa», en la molécula de ARN, está implicada notablemente en le mecanismo de la terminación.
Se ha comprobado que mientras mayor sea el contenido de pares CG de dicha estructura y mayor la longitud de la cola de poli(U), la terminación será más efectiva.
No se conoce con exactitud como se produce la terminación, pero parece estar relacionada con una pausa en el movimiento de la polimerasa. El proceso incluye: el cese de la elongación de la cadena de ARN, la liberación del ADN recién formado y la liberación de la ARN polimerasa del ADN.
