Dentro de la Microbiología igualmente podemos describir sistemas compuestos de organismos microbianos interdependientes que comparten un mismo hábitat. Entre ellos destacan:

a. Las microbiotas: que están conformadas por un conjunto de microorganismos que se localizan de manera normal en distintos sitios del cuerpo de los seres vivos pluricelulares, como por ejemplo en el ser humano.

b. Las biopelículas o biofilms: que son ecosistemas microbianos organizados, conformados por uno o varios microorganismos asociados a una superficie viva o inerte, los cuales presentan características funcionales y estructuras complejas.

c. Los gránulos de kéfir: conformados por una masa biótica simbiótica en el que conviven diferentes especies de bacterias probióticas y levaduras, envuelta en una matriz polisacárida, denominada kefiran.