El término filogenia (del griego filon, raza, y genea, generación) fue propuesto en 1866 por el embriólogo alemán Ernst Haeckel y trataba de recoger de forma significativa y funcionalmente efectiva las tesis evolucionistas mantenidas y difundidas por los naturalistas británicos Charles Darwin y Alfred Russel Wallace.
La idea de que tanto los animales como las plantas no se mantienen inmutables, sino que experimentan una evolución a lo largo del tiempo era muy anterior a estos dos autores, pero nadie fue capaz de obtener pruebas para establecer una sólida hipótesis científica de trabajo sobre tales conceptos.
